Можно выставлять УПД вопреки условиям договора, но подходит это не всем.

Компания вправе выставлять контрагенту УПД, даже если по условиям договора должна оформлять счет-фактуру и первичный документ.

В общем случае УПД вместо раздельного комплекта бумаг не нарушение. Передаточный документ содержит обязательные реквизиты счета-фактуры и первички. Поэтому дополнительно закреплять в договоре возможность выдачи УПД не обязательно.
Сложности могут возникнуть со специфическими договорами, которые предусматривают особенности оформления закрывающих документов. Например, в строительстве нужны акты КС-2, а в услугах может потребоваться подробная расшифровка. В таких ситуациях замена комплекта документов на УПД с сильно сокращенной информацией способна привести к претензиям ФНС: налоговики могут отказать заказчикам в вычетах НДС и снять расходы.
Если вам удобнее выставлять УПД, первым делом проверьте договор. Специфических особенностей нет — значит, счета-фактуры и первичку можно объединить в УПД. Покупателю объясните, что его расходам и вычетам ничто не угрожает. Но если сделка требует особого оформления, стоит пойти навстречу партнеру и выдать отдельные документы.